甘丹寺是在明永樂七年(1409年)時,由西藏喇嘛教格魯派(黃教)的創始人宗喀巴興建的,是西藏喇嘛教格魯派的祖庭,清世宗雍正皇帝曾給寺院賜名為“永泰寺”。寺院的法台甘丹墀巴就是宗喀巴法座的繼承人,他的地位僅次於達賴喇嘛和班禪,平時常住甘丹寺內。寺內藏有乾隆皇帝御賜的九龍甲胄及《丹珠爾》,大藏經等珍貴文物純金汗書寫而成的藏文,《大藏經》中的整套《甘珠爾》佛經,由十六羅漢和四大天王等組成的整套二十四幅的緙絲唐卡"唐繡"。
宗喀巴的法座繼承人、歷世格魯派教主甘丹赤巴即居於此寺中。寺內所藏明代以來的文物甚多,有保存宗喀巴和甘丹赤巴等遺體的靈塔90餘座。宗喀巴靈塔殿北牆角下有塊石頭,傳說是印度飛來的神石。甘丹寺為全國重點文物保護單位。