旃檀林位於九華山街西南,清康熙年間(1662-1722年)為化城寺七十二寮房之一,光緒十二年釋定慧募化重建。1912年,住持僧福星擴建,居士易國斡贈額"福慧雙修"。住持僧鎮安擴建殿宇,安單接眾。1928-1949年蓮禪、渡海、長升、蘊淨、性朗先後任持。1958-1977年為九華山佛教大隊駐地。1982年重修。1978-1985年為九華山佛教協會駐地。全寺建築面積2849平方米,是ˊ中國國務院確定的漢族地區佛教全國重點寺院。
據傳初建時,僧人伐寺後琵琶形山丘上古樹,見其木質堅硬,紋絡纖細,酷具異香,喻之為佛家珍品—旃檀樹。謂琵琶形山丘與佛經記述的南印度牛頭山(以盛產旃檀樹聞名)相似,因以名寺為"旃檀林"。